Rajavartiolaitoksessa palvelevista koirista käytetään yleisnimitystä rajakoira. Rajakoiralla voi olla koulutuslinjana rajavalvonta, rajatarkastus tai merivartio. Koirilta vaaditaan tottelevaisuuskoulutus sekä koulutuslinjansa mukainen erikoisosaaminen
- Rajavalvontakoira työskentelee maastorajalla ja sen pääasiallinen tehtävä on jälkien etsiminen ja ajaminen. Koiralle koulutetaan myös esine- ja henkilöetsintä sekä osalle erikoiskoulutuksena suojelua.
- Rajatarkastuskoira työskentelee raja-asemalla etsien ajoneuvoihin kätkeytyneitä henkilöitä. Koiralla voidaan myös etsiä huumeita ajoneuvoista tai henkilövirrasta.
- Merivartiokoira työskentelee rajatarkastuskoiran tapaan rahtialuksissa ja satamissa. Lisäksi koiria voidaan käyttää meripelastustehtävissä henkilön etsimiseen.
Lisäksi on muutamia erikoiskoiria, joille on koulutettu niiden operatiivisen vaatimuksen mukaisia asioita, esimerkiksi valmiusjoukkueisiin sijoitetut koirat.
Pääasiallisesti Rajavartiolaitoksessa on käytetty saksanpaimenkoiria. Saksanpaimenkoira hyvänä yleiskoirana sekä säänkestävänä on havaittu parhaaksi roduksi. Nykyisellään Rajavartiolaitoksessa palvelee noin 215 rajakoiraa.
Rajavartiolaitos on suorittanut kasvatustoimintaa kennelnimellä Rajan. Pentueita on tuotettu yli 50 kappaletta 60-luvun alkupuolelta lähtien. Nykyisin oma jalostustoiminta elää hiljaiseloa.
Tällä hetkellä käytettäviä rotuja ovat
- saksanpaimenkoira (180 kpl)
- labradorinnoutaja (22 kpl)
- belgianpaimenkoira (10 kpl)
- parsonrusselinterrieri (1 kpl)
- suursnautseri (1 kpl).
Rotuun tai sukupuoleen katsomatta koirista arvostetaan seuraavia ominaisuuksia:
- hermorakenne
- toimintakyky
- terveys
- viettienergia ja taistelutahto
- ohjattavuus ja laumavietti